Endüstri yapıları ve kalıntılarının yeni kullanımlar ile yeniden tanımlanması, "biçim işlevi izler" olgusunu ortadan kaldırarak, var olan mekânın sınırlarına göre bir tasarım yapılması gerekliliğini ortaya koyar. Bu bağlamda, mekanın sınırları, tasarım sürecinde aşılması gereken bir engelden çok, mekânın sahip olduğu özellikler ve belirlenen yeni program arasındaki ilişkinin kurgulanmasında projenin tasarım sürecinin bir başlangıcı olarak yorumlanmıştır.
Mekâna yeni işlevler tanımlanırken, mekânın önceki işlevine ait yakalanan ipuçları veya var olan mekân atmosferi korunmuş, kullanıcıya mekânın geçmişi hakkında hatırlatmalar yaparak zamanın zihinsel imajı oluşturulmuştur. Bunu tasarımda, yerleşkedeki mevcut tüm yapıları fabrika döneminde özgün olarak kullanıldığı mekânsal özelliklerini koruyarak, söz gelimi 4 ve 7 numaralı yapıların mekanlarındaki total hacim etkisinin belirgin bir halde tasarlanmasıyla veya bu yapıları eskiden de olduğu gibi üretimin bir parçası halinde kullanmaya devam etmekle ya da kullanıcıların müze turuna fabrika yapısının giriş holünden başlaması gibi, fabrikanın eski kullanım şekli ve mekanları ile birçok benzer mekanlar ve kullanımlar tasarlanarak oluşturmak hedeflenmiştir.
Yerleşkedeki eski yapıların yok olduğu veya 3 numaralı yapı gibi kaldırılmak durumunda olduğu alanlara, günümüzün koşullarına uygun, çağdaş yeni yapılar önerilirken, diğer yandan yapıların, tanımlanan yeni işlevlerin gerekliliklerini sağlayamadığı noktada ise bu yapılara çağdaş yeni ekler önerilmiştir. 3 ve 11 numaralı yapıların yerine önerilen iki yapı; rekonstrüksiyonu mümkün olmayan, esasen bu sayede kentliyi yanıltmayan ve yerleşkedeki zamanın katmanlaşmasına katkıda bulunan, kaldırılan eski yapıların izinde, çevresindeki yapıların gabarilerini aşmayan, alandaki mevcut ağaçlara zarar vermeyen, günümüzün koşullarına uygun, çağdaş yorumlardır. Bunun yanında, yeni işlevlerinin gerekliliklerini sağlayamadığı noktada yapılara önerilen ekler ise bu yapılardan kaldırılan muhdes eklerin yerinde, eklendiği yapıdan kopuk ve ayırt edilebilen bir şekilde tasarlanmıştır.
Tüm bu yapılar ve ekler tasarlanırken, yerleşkenin kent hafızasındaki çekirdek yapılarının (1, 2, 4, 9 numaralı yapıların) batı silueti korunmuş, bu yaklaşımı kuvvetlendirmek adına müze girişi dahi zemin kotunun altında tasarlanmıştır.
Bu bütünsel tasarım yaklaşımı ile anlatılmak istenen; Alsancak Tekel Sigara Fabrikası sınırları içindeki potansiyelleri ortaya çıkartarak, mekânı geçmişteki ilk haline götürmek yerine onu keşfetmek, anlamak ve mevcut duruma göre bir tasarım yaklaşımı belirleyerek ona bugüne dair bir anlam kazandırarak korumaktır.
